Wikipedia sagt dazu:
In Gleichungen mit einer Unbekannten wird diese häufig mit dem Buchstaben x bezeichnet. Dies lässt sich aus dem arabischen شيء / šaiʾ /‚Sache‘ ableiten, das al-Chwarizmi und Omar Khayyām für eine unbekannte Größe verwendet haben und in altspanischer Umschrift mit x wiedergegeben wurde.
Quelle: Rida A. M. T. Farouki: Pythagorean-hodograph curves: algebra and geometry inseparable. Springer, 2008. ISBN 3540733973; S. 25
Offenbar kommt das also (wie auch unser Zahlensystem) ursprünglich aus Arabien.
Als wir in Europa dann das x übernommen hatten, sind wahrscheinlich (der Einfachheit halber) y und z dazugekommen. An sich ist es aber natürlich gleichgültig und man sollte Variablen immer so verwenden, dass möglichst einfach ersichtlich ist, worum es sich dabei handelt.