zusammenfassend geht wohl kein interaktiver weg über latex.
ggf. kannst du eine pdf datei via acrobat uä. weiter bearbeiten. dazu müsste acrobat ein javascript applet (das aus deiner ggb app erzeugt wurde) einarbeiten können. also bei adobe nachlesen, ob das acrobat inzwischen liefern kann?
jedenfalls kannst du eine ggb datei als anhang in pdf einbetten. müsste halt ausgepackt und lokal in ggb dargestellt werden...
ersatzweise ein ggb konto anlegen, die datei hochladen und auf das applet verlinken...