Es ist beides möglich!
"in der Gleichung" → wo? Dativ (nicht zielgerichtet)
"in die Gleichung" → wohin? Akkusativ (zielgerichtet)
Bei in handelt es sich um eine Präposition mit zwei möglichen Fällen (Kasus: Dativ und Akkusativ). Sie wird deshalb auch Wechselpräposition genannt.
Weitere solcher Wechselpräpositionen sind: an, auf, hinter, in, neben, über, unter, vor, zwischen.
Beispiele:
Ich setze den Term in die Gleichung ein.
Ich erkenne den Term in der Gleichung.